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<TITLE>Laser Microdissection of Lung</TITLE>
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<P><FONT SIZE=2>First time on the Histonet - </FONT>
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<P><FONT SIZE=2>These are questions that pertain to laser microdissection on lung tissue using a Leica AS LMD with the goal of performing microarray.&nbsp; If anyone can answer one, all of some of these questions I appreciate your input.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>1)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In staining tissues with nuclease free alcohols -&nbsp; Arcturus recommends that these alcohols be changed every 4 slides.&nbsp; I have noticed that using the alcohols for 10-12 slides does seem to lead to more difficult capture of the cells as they seem to adhere to the slides more tightly and do not drop into the caps.&nbsp; In an attempt to be economical, does anyone have recommendations for how many slides can be stained before changing alcohols/water is necessary?</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>2)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have ordered glass foiled slides to capture the cells, as opposed to glass slides, as I have been told that the foiled slides retain H2O less avidly - furthermore, it would seem that cutting through foil would naturally be easier than through the slides.&nbsp; </FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>3)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have also read that if glass slides are used, that these too should be cleaned in DEPC-treated solution, autoclaved, and even RNAZapped.&nbsp; This seems a bit much - is this true?&nbsp; </FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>4)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In regards to the Leica system -&nbsp; is amplification of tissue almost universally necessary to obtain adequate amounts of RNA (lower limit .2 ug) to perform a Codelink platform microarray?&nbsp; Initially, I obtained a yield of about .3 ug from microdissected tissues.&nbsp; This yield was obtained from capturing a total area of 495,000 um2 of tissue from about 10 individual captured pieces of tissue (ranging in size from 9,000 - 180,000 um2).&nbsp; However, in subsequent sessions of microdissection, similar areas of tissue gave me a total of 40-120 nannograms of RNA - which will obviously need amplified.&nbsp; Should I expect to amplify most of the time?&nbsp; </FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>5)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In lung tissue, what is the minimum tissue area that needs to be captured ( if anyone wants to give me their thoughts) that is sufficient, then, to avoid amplification? </FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>6)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No number 6. </FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Thanks, </FONT>
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<P><FONT SIZE=2>Jim Gagermeier </FONT>
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